2005年11月1日、コンピュータプログラムミスにより、全上場銘柄の取引を一時停止。午後1時半から取引開始。
2006年1月18日、ライブドア事件で大量の売り注文に対し、リアルタイム処理が追いつかず、14時40分に全銘柄取引停止。
2012年2月2日、3つのサーバで不具合が発生、午前9時より241銘柄の取引を停止。後場から取引開始。
2018年10月9日、1つのサーバで不具合が発生、一部の証券会社で売買が遅延したり、注文ができなくなった。野村証券、SMBC日興証券では昼前後に取引再開。